生物化学-蛋白质二级结构 形成稳定的α螺旋结构至少需要多少个氨基酸残基?【答案可能是15
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/11/09 05:18:55
生物化学-蛋白质二级结构 形成稳定的α螺旋结构至少需要多少个氨基酸残基?【答案可能是15
生物化学-蛋白质二级结构 形成稳定的α螺旋结构至少需要多少个氨基酸残基?【答案可能是15
生物化学-蛋白质二级结构 形成稳定的α螺旋结构至少需要多少个氨基酸残基?【答案可能是15
王镜岩的《生物化学》,螺旋平均每个螺旋是3.6个氨基酸残基(《蛋白质结构物理学 》 一书也 给出的是平均3.6).
含有N个残基的α螺旋就含有N-4个氢键,因为螺旋顶头的4个酰胺氢和 4个羰基氧不参与螺旋氢键形成.
王镜岩生化 给出的一个典型α螺旋 是12个残基.
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那么要完成一次α螺旋需要3.6个残基四舍五入为4个. 那么这4个残基都是 参与螺旋氢键氢键形成的.那么第一的羰基氧是和第5个残基的氨基氢,第2个羰基氧是和第6个残基的氨基氢以此类推.第4个羰基氧是和第8个残基的氨基氢.
那么完成一个α螺旋就需要最少8氨基酸. (这是我个人看法,也仅仅是数学推算实际并不一定)
“关键在于是至少需要多少个氢键才能形成稳定度 α结构”
要计算稳定,就要计算其自由能
α螺旋的稳定,和温度有关(还包括变性剂的影响),不同的氨基酸残基对能量的贡献是不同的,丙氨酸是最易形成螺旋的残基,甘氨酸是最易断裂螺旋的残基,两者对螺旋贡献系数相差10倍.最短的肽链实验可能只拥有一个螺旋.
至于你的问题,“多少个氢键才能形成稳定度 α结构”不考虑温度、和具体残基是很难回答的.同时稳定是相对的没有明显的界限.
α螺旋动力学,最艰难的一步是第一圈的形成,之后的圈是螺旋的延伸,肽链太短就难以越过活化能势垒,总得来说α螺旋的形成速度是极快的.速度是纳秒级.
13 个
α螺旋
α-螺旋(α-helix):蛋白质中常见的二级结构,肽链主链绕假想的中心轴盘绕成螺旋状,一般都是右手螺旋结构,螺旋是靠链内氢键维持的。每个氨基酸残基(第n个)的羰基与多肽链C端方向的第4个残基(第4+n个)的酰胺氮形成氢键。在古典的右手α-螺旋结构中,螺距为0.54nm,每一圈含有3.6个氨基酸残基,每个残基沿着螺旋的长轴上升0.15nm. 【详解】 ...
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13 个
α螺旋
α-螺旋(α-helix):蛋白质中常见的二级结构,肽链主链绕假想的中心轴盘绕成螺旋状,一般都是右手螺旋结构,螺旋是靠链内氢键维持的。每个氨基酸残基(第n个)的羰基与多肽链C端方向的第4个残基(第4+n个)的酰胺氮形成氢键。在古典的右手α-螺旋结构中,螺距为0.54nm,每一圈含有3.6个氨基酸残基,每个残基沿着螺旋的长轴上升0.15nm. 【详解】 α螺旋是一种最常见的二级结构,最先由Linus Pauling和Robert Corey于1951年提出,其主要内容是: ①肽链骨架围绕一个轴以螺旋的方式伸展; ②螺旋形成是自发的,肽链骨架上由n位氨基酸残基上的-C=O与n+4位残基上的-NH之间形成的氢键起着稳定的作用;被氢键封闭的环含有13个原子,因此α螺旋也称为3.6/13螺旋; ③每隔3.6个残基,螺旋上升一圈;每一个氨基酸残基环绕螺旋轴100°,螺距为0.54nm,即每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm;螺旋的半径是0.23nm;Φ角和Ψ角分别为-57°和-48°; ④α螺旋有左手和右手之分,但蛋白质中的α螺旋主要是右手螺旋; ⑤氨基酸残基的R基团位于螺旋的外侧,并不参与螺旋的形成,但其大小、形状和带电状态却能影响螺旋的形成和稳定。 【功能】 α-螺旋在DNA结合基序(DNA binding motifs)中有非常重要的作用,比如在锌指结构,亮氨酸拉链,螺旋-转角-螺旋等基序中都含有α-螺旋。这是因为α-螺旋的直径为1.2nm,正好和B-DNA大沟的直径相等,所以能够和B型DNA紧密结合。
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根据lehninger 和stryer biochemistry里的说法,形成一个稳定α helix需要3.6个氨基酸残基。原因是因为每个残基相对于另一个邻接的残基正好按螺旋轴平移1.5埃和旋转100度。3.6个一圈,这个问题的 关键在于是至少需要多少个氢键才能形成稳定度 α结构;然后根据形成的氢键算需要的α残基;一般是n个残基的α helix有n-4个氢键。n通常是12....
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根据lehninger 和stryer biochemistry里的说法,形成一个稳定α helix需要3.6个氨基酸残基。原因是因为每个残基相对于另一个邻接的残基正好按螺旋轴平移1.5埃和旋转100度。
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多肽链形成的a螺旋,每个螺旋由3.6个氨基酸残基组成,螺距为0.54nm,相邻的氨基酸之间的距离为0.15nm